Le variant Lambda : origine, symptômes… Ce que l’on sait

SOMMAIRE :

Contagion, vaccin… que sait-on du variant Lambda ?
Quelle est l’origine du variant Lambda ?
Le variant Lambda est-il présent en France ?
Quelle différence entre “variant préoccupant” et “variant à suivre” ?

Alors que le variant Delta continue sa progression (il représente plus de 40% des cas en France), de nouveaux variants inquiètent le gouvernement : le variant Lambda et le variant Epsilon.

Que sait-on du variant Lambda ? Ce variant circule en Amérique du Sud, notamment au Pérou où il est apparu, mais aussi en Argentine, au Chili et en Equateur. Il comporte plusieurs mutations présentes dans le code de la protéine Spike du SARS-CoV2 (c’est Spike qui permet au coronavirus d’entrer les cellules, c’est aussi la cible des vaccins pour l’empêcher d’y entrer). Parmi ces mutations, il y a notamment la mutation L452Q.

Rappelons que toute protéine se compose de plusieurs acides aminés, que l’on désigne par des lettres, selon un code international. En conséquence, quand on parle de mutation L452Q, cela signifie que l’acide aminé L (leucine) situé en position 452 a été remplacé par l’acide aminé Q (glutamine).

Cette mutation L452Q serait similaire à celle présente dans le variant Delta, la L452R (où la leucine a été remplacée par l’arginine sur la même position de la protéine).

Contagion, vaccin… que sait-on du variant Lambda ?

Dans le cas du variant Delta, cette mutation est responsable d’une transmission plus élevée du virus. C’est donc elle qui contribué à la plus forte contagiosité du Delta (40% à 60%). Pour l’heure, rien ne permet de dire que le variant Lambda est également plus contagieux mais il est donc surveillé de près par l’OMS.

Par ailleurs, aucune donnée ne prouve pour l’instant que la souche lambda pourrait résister aux vaccins à ARN messager, à savoir Pfizer et Moderna. En ce qui concerne sa dangerosité, “il n’y a pas de preuve qui suggère qu’il est plus agressif que les autres variants”, a assuré au Financial Times Jairo Méndez Rico, conseiller sur les infections virales émergentes à l’Organisation panaméricaine de la santé.

Selon une étude (en pré-publication) menée à l’Université du Chili, les mutations présentes dans la protéine de pointe du variant Lambda confèrent une capacité d’infection accrue ainsi qu’un échappement aux anticorps neutralisants provoqués par le vaccin chinois à virus inactivé CoronaVac.

Quelle est l’origine du variant Lambda ?

Le variant Lambda a été détecté pour la première fois au Pérou en décembre 2020, il a été classé variant d’intérêt par l’OMS le 14 juin dernier. Il inquiète particulièrement le Pérou et le Chili, où il représente respectivement plus de 80% et 30% des nouvelles contaminations.

En Europe, il reste encore très peu présent.

Le variant Lambda est-il présent en France ?

Rappelons que la nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en termes de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel repose en particulier sur la réalisation des tests PCR dits de criblage.

Concrètement, en cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé afin de détecter les principales mutations d’intérêt, à savoir : E484K, E484Q et L452R. Seules ces 3 mutations sont donc recherchées.

En parallèle, des enquêtes “Flash” sont menées régulièrement sur une sélection de prélèvements RT-PCR positifs afin de séquencer entièrement le génome viral. Ce séquençage complet permet de dresser une cartographie complète des virus et de détecter l’émergence de nouveaux variants. La dernière, qui remonte au 25 mai, n’identifie par le variant Lambda. Et c’est d’ailleurs un problème, les séquençages restent insuffisants.

Les chercheurs du monde entier publient par ailleurs les séquences qu’ils trouvent sur une plateforme en libre accès appelée Gisaid. Selon cette base, 3 cas seulement de variant Lambda ont été identifiés en France, mais il est à noter que la majorité des pays ont des capacités de détection et de séquençage insuffisantes, donc que les statistiques sont très probablement sous-estimées.

Quelle différence entre “variant préoccupant” et “variant à suivre” ?

Le variant Lambda, de même que le variant Epsilon, sont classés comme “variant of interest” (VOI) ou “variants à suivre”. On classe dans cette catégorie les variants dont l’impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais dont les “caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques”, justifient ce classement.

Quelle différence avec les variants “préoccupants” ? Le classement dans la catégorie des variants “préoccupants”, signifie que leur impact sur la santé publique (transmissibilité plus élevée, gravité de l’infection ou encore échappement immunitaire) est démontré. Les variants Alpha (anglais), Gamma (brésilien), Beta (sud-africain) et Delta (indien) en font partie.

Sources :

https://www.gisaid.org/hcov19-variants/
OMS
Infectivity and immune escape of the new SARS-CoV-2 variant of interest Lambda, Medrxiv (28/06)

Lambda Covid variant’s ‘unusual’ mutations puzzle scientists, Financial Times

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